Spółka jest podmiotem leczniczym, o którym mowa w art. 43 ust. 1 pkt 18 ustawy o VAT. Jako podstawowa jednostka medycyny pracy została zgłoszona do rejestru wojewódzkiego ośrodka medycyny pracy. W prowadzonej działalności medycznej wykonuje badania profilaktyczne kandydatów i pracowników w celu wydania orzeczenia stwierdzającego brak przeciwwskazań do pracy na określonym stanowisku. Firma przeprowadza badania profilaktyczne na podstawie skierowania pracodawcy w ramach realizacji obowiązków stron stosunku pracy. Spółka miała wątpliwości, czy badania psychologiczne, które są częścią profilaktycznej opieki zdrowotnej sprawowanej przez służbę medycyny pracy nad pracującymi, przeprowadzane w ramach badań profilaktycznych, tj. badań wstępnych, okresowych i kontrolnych, podlegają zwolnieniu z art. 43 ust. 1 pkt 18–19 ustawy o VAT. Chodziło o badania kierowców transportu drogowego, kierowców kierujących samochodem służbowym lub prywatnym do celów służbowych, operatorów sprzętu ciężkiego, operatorów wózka widłowego, suwnicy, instruktorów i egzaminatorów nauki jazdy, kierowców pojazdów uprzywilejowanych oraz kierujących tramwajem.
Fiskus odpowiedział, że preferencja nie przysługuje. Zauważył, że zwolnieniem objęte są wyłącznie te usługi w zakresie opieki medycznej, które realizują cel związany z profilaktyką, zachowaniem, ratowaniem, przywracaniem i poprawą zdrowia. Usługi, które tych celów nie realizują, nie mogą korzystać ze zwolnienia. W ocenie urzędników każdorazowo należy analizować, jaki cel przyświecał danej usłudze świadczonej na rzecz pacjenta. Nie w każdym przypadku działania podejmowane na rzecz pacjenta mają na celu zachowanie, ratowanie, przywracanie i poprawę jego zdrowia. Jeśli świadczone usługi nie będą związane z ochroną zdrowia i nie będą realizować takiego celu, to nie mogą korzystać z omawianego zwolnienia.
Fiskus uznał, że usługa medyczna polegająca na zbadaniu sprawności psychologicznej kierowców oraz innych grup zawodowych wymienionych we wniosku nie ma na celu ochrony zdrowia. Dlatego nie może być objęta zwolnieniem z VAT.
WSA w Gorzowie Wielkopolskim nie podzielił tego stanowiska. Zauważył, że pojęcie „opieka szpitalna i medyczna" obejmuje świadczenia, które służą diagnozie, opiece oraz, w miarę możliwości, leczeniu chorób lub zaburzeń zdrowia. Cel usługi medycznej określa, czy powinna ona korzystać ze zwolnienia. Jeżeli z kontekstu wynika, że jej głównym celem nie jest ochrona, utrzymanie bądź przywrócenie zdrowia, to wówczas zwolnienie nie będzie miało zastosowania. Z orzecznictwa wynika, że w przypadku usług polegających na wydawaniu zaświadczenia zastosowanie zwolnienia zależy od okoliczności, w jakich są one wydawane. Gdy badania medyczne wykonywane są w celu umożliwienia pracodawcy podjęcia decyzji o zatrudnieniu lub o obowiązkach wykonywanych przez pracownika, to usługi mają na celu przedstawienie pracodawcy danych, na podstawie których podejmie on określone decyzje. Takie usługi nie mieszczą się w zakresie świadczeń opieki medycznej. Jednak regularne badania medyczne wykonywane na żądanie pracodawcy mogą spełniać wymogi konieczne dla uzyskania zwolnienia z VAT wówczas, gdy badania te mają przede wszystkim na celu umożliwienie zapobiegania lub wykrywania chorób bądź kontrolowanie stanu zdrowia pracowników.
WSA zauważył, że kodeks pracy nakłada na pracodawcę obowiązki w zakresie zdrowotnej działalności profilaktycznej. Wykonywanie badań przez każdego pracownika jest sposobem na zapewnienie, aby ze względu na stan zdrowia nie wykonywał on określonych czynności, nie tylko ze względu na ich rodzaj, ale właśnie w celu ochrony zdrowia pracownika. Wykonywanie badań w takim zakresie służy profilaktyce i zachowaniu zdrowia pracownika.
