Un instrument est édifié dans l'église après 1493 et avant 1514 (renseignement figurant dans le testament du prête Nicolas Revel rédigé le 21 décembre 1514 en présence de Jehan de Posse, notaire, qui décrit les biens du clergé de l'époque). Par contre il n'est fait mention ni du facteur, ni de la composition de l'instrument , par contre on sait qu'il était fort petit.
L'orgue de l'église Saint-Nicolas de Pertuis a été construit par Pierre Marchand (un des trois facteurs d'orgue qui se partageaient les travaux en Provence à cette époque) en 1601 et 1602. On peut comparer la composition de l'orgue de Pertuis avec l'orgue de la Major à Marseille (inauguré le 7 juin 1615) qui est le plus grand instrument de Marchand. Cet orgue comporte 14 jeux et possède 7 pédales au ton de douze pieds. Il a couté 1 800 livres.
Cet orgue sera restauré en 1774-1775 par le Sieur Duges, qui avait restauré l'orgue de Saint Victor à Marseille en 1771 avant de restaurer celui de Cucuron en 1786-1787.
Mais en 1825 l'orgue est reconstruit par Charles Gazeau et Jean-François Borme fils, facteurs d'orgue de la ville de Marseille. l'Orgue avait la composition suivante : Grand Orgue avec 54 notes, le récit de 30 notes (à partir de ut3 et la pédale d'une octave.l'orgue fut complété en 1857 par Goll.