Ponadto nie zapewnił takiej organizacji pracy urzędu, która pozwoliłaby na rzetelną realizację zadań związanych z udzielaniem tych uprawnień i nadzorem nad prawidłowością ich wykonywania. W rezultacie do wykonywania działalności lotniczej zostały dopuszczone podmioty, które nie spełniały warunków określonych w przepisach prawa i nie gwarantowały jej bezpieczeństwa.
Kontrolę przeprowadzono w Ministerstwie Transportu, Budownictwa i Gospodarki Morskiej, Urzędzie Lotnictwa Cywilnego oraz jedenastu podmiotach prowadzących działalność w dziedzinie lotnictwa. Ponadto do informacji włączono wyniki kontroli doraźnej pn.: "Nadzór Prezesa Urzędu Lotnictwa Cywilnego nad zdatnością do lotów statków powietrznych eksploatowanych przez Eurolot S.A." zakończonej w październiku 2015 r.
W żadnym z 13 skontrolowanych postępowań certyfikacyjnych (dotyczących 9 lotnisk) nie sprawdzono ani nie udokumentowano spełniania przez ubiegające się o certyfikaty podmioty wymagań, mających wpływ na bezpieczne wykonywanie operacji lotniczych. Zarządzający lotniskami działali na podstawie nieaktualnych instrukcji wykonawczych (to najważniejsze dokumenty opisujące procedury i sposoby postępowania przy wykonywaniu działalności lotniczej). Nie weryfikowano przygotowania zawodowego osób zajmujących na lotniskach stanowiska kierownicze, nadzorujące i wykonawcze. Prezes ULC, w toku sześciu postepowań certyfikacyjnych, nie zatwierdził instrukcji wykonawczych w celu dalszego prowadzenia procesu certyfikacji. W przypadku czterech skontrolowanych postępowań, zatwierdzanie instrukcji wykonawczych nastąpiło w terminach niezgodnych z przepisami prawa.
Kontrole i testy praktyczne w ramach certyfikacji przeprowadzano z pominięciem obszarów istotnych dla bezpieczeństwa wykonywania operacji lotniczych, co uniemożliwiało stwierdzenie czy lotniska były w pełni zdolne do bezpiecznego funkcjonowania. W przypadku 7 z 12 skontrolowanych procesów certyfikacji lotnisk nie dokonano pełnej i rzetelnej oceny spełniania przez zarządzających lotniskami wszystkich wymagań określonych w przepisach krajowych.
Przykładowo w ramach pierwszej certyfikacji lotniska w Modlinie w 2012 r. nie przeprowadzono testów praktycznych w zakresie współpracy zarządzającego ze służbą kontroli ruchu lotniczego oraz pełnych testów w obszarze ratownictwo i ochrona przeciwpożarowa lotniska ponieważ strażnica Lotniskowej Służby Ratowniczo-Gaśniczej była nieczynna. W trakcie kolejnej certyfikacji lotniska w Modlinie (przeprowadzonej w 2013 r.) nie sprawdzono jak lotnisko funkcjonuje w praktyce, gdyż nieczynna była droga startowa. Nie przeprowadzono również symulacji zaniku napięcia oraz działania automatycznego przełączenia pomiędzy źródłami zasilania lotniska, gdyż w tym samym czasie przeprowadzane były testy urządzeń ILS (ILS - radiowy system nawigacyjny, wspomagający lądowanie samolotu w warunkach ograniczonej widoczności) oraz testowano z powietrza systemy oświetlenia nawigacyjnego. Nie zweryfikowano również, jak do działania w warunkach zimowych przygotowane są służby operacyjne lotniska oraz służby odpowiedzialne za jego utrzymanie; nie sprawdzono również nachyleń podłużnych i poprzecznych elementów nawierzchni lotniskowych.